慶余年的秘密包括慶廟背后的古畫、太平別院湖底的秘密以及神廟的秘密。葉輕眉留給范閑的箱子和禁忌之門的秘密被認(rèn)為是太平別院湖底的秘密。而肖恩知道神廟的位置,并且見過葉輕眉從神廟里出來。具體神廟的秘密是上個文明的殘留物,保存許多上個文明生產(chǎn)的武器,是最大的武器博物館。葉輕眉是現(xiàn)代人,靈魂陰差陽錯穿越到神廟,而所謂神廟實際上是個軍事博物館兼避難所,科技發(fā)達(dá),葉輕眉出現(xiàn)在神廟是命中注定的結(jié)果。肖恩的秘密與神廟有關(guān),他曾與苦荷一起去過神廟,見到了一個四歲的小仙女,即葉輕眉。肖恩最終對范閑透露了三十年前的秘密,包括他與苦荷帶著北魏的千人大軍一路向北,到達(dá)了傳說中的神廟,并見到了葉輕眉。所以慶余年的秘密主要涉及禁忌之門、太平別院湖底的秘密以及神廟的存在和葉輕眉的身世。