慶余年的密秘包括慶余年地下的秘密、肖恩的秘密、太平別院湖底的秘密以及神廟的秘密。慶余年地下的秘密可能是一個(gè)實(shí)驗(yàn)室,里面可能有現(xiàn)代化的高科技設(shè)備。肖恩的秘密是關(guān)于神廟的,他知道神廟的位置,并且在三十年前與苦荷一起去過(guò)神廟。太平別院湖底的秘密是古老的廟宇,里面有一個(gè)神秘的“水之谷”,傳說(shuō)可以延長(zhǎng)生命。至于神廟的秘密,據(jù)說(shuō)是地球在幾十萬(wàn)年前為保留人類文明的種子而建立的軍事博物館。然而,關(guān)于神廟具體藏著什么秘密以及為何肖恩和苦荷無(wú)法接觸到神廟,目前的信息中沒(méi)有明確的答案。