慶余年神廟的秘密是,它是上個文明的殘留物,保存許多上個文明生產(chǎn)的武器,是最大的武器博物館。神廟是地球文明被核爆前建造的軍事博物館,由智能AI控制著人類的發(fā)展進程和技術(shù)進步,不允許任何人違背神廟意志。神廟的秘密還包括神廟使者、武功秘籍和其他機器人。具體來說,范閑的母親葉輕眉是為數(shù)不多知道神廟秘密的人,她的仆人五竹是神廟的機器人。神廟與慶帝有聯(lián)系,共同目的是殺死葉輕眉。肖恩也知道神廟的位置,并且在臨死前向范閑透露了神廟的秘密??偟膩碚f,慶余年神廟的秘密涉及到上個文明的遺跡、軍事武器、智能AI控制、機器人、使者、武功秘籍等元素。