一三七一年，大俠蕭鴻萬率領民間義士助朱元璋滅元，建立大明王朝后，又受其委托，前往漠北暗殺北元第一名將王保保。事成，蕭鴻萬卻為掩護大家，受埋伏而死。眾人冒生命危險搶到其尸身，帶回中原與一處僻靜祥和的桃源小村安葬。蕭妻丁還鳳怨眾人只顧自己逃跑，未救得其夫性命，懷恨在心。彼時，蕭鴻萬長子蕭天放正隨丐幫長老習武，周游各地。丁還鳳便帶著九歲的次子蕭天晴拜訪故人——萬蘇山莊莊主蕭千秋。蕭昔日對丁一見鐘情，念念不忘至今，且多年未娶。為使蕭千秋將對其的關愛之心轉(zhuǎn)移到次子身上，外柔內(nèi)剛的丁還鳳將天晴鄭重托付給他后，自絕于蕭家門前，以身殉夫。
俠士們回來后，朱元璋欲論功行賞，謀士劉基卻與大家作了一次徹夜長談，指出朱元璋此人只能共苦，不可同甘。次日，眾人向朱元璋表明希望回歸民間，過閑云野鶴的自由生活。一同請辭的，還有當年滅大元，遠征漠北的名將郭伽。朱元璋佯允他們在大明疆土上任意走動，暗中卻寫下密詔，待政局徹底穩(wěn)定后，暗中組織秘密機構將江湖勢力一網(wǎng)打盡，以保大明太平。
一晃，已經(jīng)十七年過去，雪山圣域第一高手綠涯因修煉邪門武功《血海魔刀》被逐出師門，從此脫離雪山圣域，自稱魔刀老祖。此年冬天，華山玉女峰比劍大會上誕生了六大當世高手，人稱六圣。除了追求至邪境界的魔刀老祖綠涯和亦正亦邪、玩世不恭的暗器高手黑白子外，其余四人皆隨蕭鴻萬遠赴漠北暗殺過名將王保保，彼此情同手足。九宮劍客出自九宮山，內(nèi)功劍術天下第一。神僧玄鑒一人獨習少林七十二絕技中的二十二技，是少林百年難得一見的武學奇才。名將郭伽精通兵法布陣，更曾得高人指點精妙無雙的點穴功。而出身武林名門的世家高手林天南則憑著天下第四的武功和無可比擬的領導才華被眾人推舉為武林盟主。
兩年后，自成一脈體系的外域武林前來中原挑釁，六圣率領中原高手重挫外域武林的銳氣，使其大敗而歸，六圣聯(lián)手抗擊外域武林，也成為江湖上一段津津樂道的佳話。
只可惜，這是他們第一次，也是最后一次的聯(lián)手。不久之后，魔刀老祖綠涯邪功登頂，成魔，憑借手中的百夜魔刀橫行江湖，濫殺無辜，每日以百人之血喂刀，成為武林公敵。玄鑒神僧與綠涯曾有一戰(zhàn)，因玄鑒心懷度化仁念，以一招惜敗，從此江湖上更是聞魔刀老祖而色變。直到事隔一年，九宮劍客重出江湖，與魔刀老祖在紫禁之巔對決三天三夜，使出江湖上失傳已久的絕學秘笈——《九陰真經(jīng)》中的武功，將魔刀老祖打敗，百夜魔刀亦隨之損毀。魔刀老祖似有所悟，棄刀而去，半年后逝與大漠。
六圣只剩下五人，黑白子性情偏頗，行跡古怪，不屑于正邪兩道。自與西域大輪寺火工頭陀比武勝利后便不知所蹤。九宮劍客此戰(zhàn)之后，自封九宮老人，歸隱九宮山。無數(shù)江湖中人前來尋訪，奈何九宮山千峰險峻，萬壑竟幽，眾人竟是尋他不得。昔日的郭伽將軍則以神機老人自詡，隱居蓬萊鉆研奇門遁甲、五行八卦。不久之后，玄鑒神僧因癡迷藏經(jīng)閣武學而耽誤救人，愧疚之下自逐少林，遠走他鄉(xiāng)。六圣中，只有林天南仍然是武林的領袖。
不過那年，武林中又誕生了新的門派——君子堂。名動天下的萬蘇山莊“別情公子”蕭別情，馭船入太湖賞月，偶遇綠衣小筑“玉筆先生”石硯冰，兩人一見如故，成為摯友，并決定建立君子堂，用來結交與他們一樣滿腹才情且精通樂律舞技之人，同時將他們所悟武學傾囊傳授。蕭別情正是當年的蕭天晴，只因養(yǎng)父與生父同姓而不為江湖人所知。此事，就連其親生兄長，已經(jīng)成為丐幫幫主的蕭天放亦蒙在鼓里。蕭別情自知其兄受丐幫大恩，未免使天放為難，便決意此生不再相認。另一方面，其受母親影響甚深，認為所謂的名門正派皆是道貌岸然的偽君子，與之格格不入，君子堂因而成為繼唐門世家之后又一大中立門派。
一三九八年，明太祖朱元璋崩，其孫朱允炆繼位。著手大力削藩和打擊江湖勢力。洛陽秦王府資力雄厚、實力不俗。少王爺朱靖更是以武林人士自居，仗義疏財積極結交江湖高手一同抗衡朝廷，與各大派關系十分融洽。第二年，燕王朱棣不滿朱允炆削藩，決定造反。同年，神僧玄鑒為度化雪山第二勢力凌霄城城主，制止其暴虐行徑，決意留在凌霄城中，做一名普通的掃地老人。雪山第一勢力圣域卻在那年冬天因為不愿加入神秘的邪道組織，不愿助其危害武林被一夜滅門。僥幸逃出的小孤女則被路過的俠士所救，帶回收養(yǎng)。
一四零三年，朱棣發(fā)動靖難之役，攻克京城登基為帝，為明成祖，年號永樂。朱棣執(zhí)政過后，原想遵循朱元璋密詔，無奈此時的江湖勢力網(wǎng)已經(jīng)極為龐大，甚至與朝廷官員相連。朱棣于是安排精干謀臣化名混入江湖，以收集武林中各派資料為名，暗中蓄意破壞各派關系，生造事端，以求鷸蚌相爭漁翁得利之效。此人依靠朝廷的資金控制了全國各地的大通錢莊，并雇用了一批實力非凡的探子為其收集武林機密。同時，此人更是將官場上的厚黑學帶到江湖：先后散布唐家堡有絕密藏寶圖和《九陰真經(jīng)》秘籍在九宮山的謠言，緊接著又挑起十二連環(huán)塢與丐幫之戰(zhàn)。繼打擊中立和邪派勢力后，他又制造少林意圖獨步武林、武當峨眉聯(lián)手與之抗衡的假象，企圖徹底瓦解正派聯(lián)盟。幸而有武林盟主林天南的存在，這場可能會掀起江湖巨波的陰謀才被揭開。
然而明成祖朱棣并未因此罷休，他安排錦衣衛(wèi)作為秘密組織，暗中蓄力打壓武林中人，并以最終鏟除這股勢力為目標。錦衣衛(wèi)得勢后頗為囂張，行事更是趾高氣昂不把旁人放在眼中，終于引來東廠的嫉妒與不滿，東廠廠公侯顯安排手下人四處拉攏錦衣衛(wèi)得罪的官員，擬定了一份錦衣衛(wèi)的罪證誣陷其意圖造反。朱棣大怒，警告錦衣衛(wèi)注意言行，卻不信其謀反一事。然而沒過多久，錦衣衛(wèi)在收集江湖資料時發(fā)現(xiàn)武林前人留下的至邪武功修羅陰煞功。錦衣衛(wèi)副統(tǒng)領皇甫遙向統(tǒng)領紀綱提議：如若修習此功，錦衣衛(wèi)實力必遠超眼下每日操練。然而，這種霸氣十足的陰邪武功一旦修煉，心智便會發(fā)生變化。錦衣衛(wèi)實力大增的同時，性情日益扭曲殘暴，麻木不仁。錦衣衛(wèi)的失控使得朱棣大怒，尋機將統(tǒng)領紀綱斬首。副統(tǒng)領皇甫遙見情況危機，帶領錦衣衛(wèi)連夜闖出京城，從此脫離朝廷，成為武林邪派。與此同時，盤踞在云夢澤一處小島之上的神秘邪道門派極樂谷正隨著組織勢力的不斷擴張開始駐足江湖，錦衣衛(wèi)于是同其合作，以一統(tǒng)江湖為信念共同對付武林正派。
一日，江湖上突然有《九陰真經(jīng)》重現(xiàn)江湖的消息。正在蘇州城的武林盟主林天南收到九宮老人的飛鴿傳書，邀他至九宮山一聚。原來，九宮老人并無《九陰真經(jīng)》，昔日他打敗魔刀老祖所使的武功是一位南海高人所授。如今《九陰真經(jīng)》重現(xiàn)江湖的傳聞是事實還是陰謀，尚需仔細調(diào)查。