馬爾杜克發(fā)誓要和兩河星眾神作對。眾神守護(hù)蘇默人和他們的城邦，馬爾杜克就保護(hù)游牧的阿摩爾人。阿摩爾人開始不停地侵?jǐn)_蘇默人的七大城邦，此時的拉格什已經(jīng)在伊爾卡路拉的引領(lǐng)下重建了。阿摩爾人來去如風(fēng)，當(dāng)城邦組織軍隊準(zhǔn)備反擊時，阿摩爾人已經(jīng)將掠奪的牲畜、糧食、財物、奴隸帶走了。
恩利爾用天命牌下達(dá)了對馬爾杜克的追殺令，這道命令連恩基都表示支持。七大城邦的保護(hù)神難得團結(jié)行動，就連伊什塔爾也抱怨馬爾杜克想離開兩河星就是拋棄她，所以也加入了眾神的隊列。
馬爾杜克雖然實力比七大保護(hù)神要強，但也受不了孤軍奮斗的苦。后來他找到了兩個幫手。一個是恩利爾的助手雷雨神伊西庫爾，他再也不能忍受恩利爾的殘暴領(lǐng)導(dǎo)了。另一個是涅加爾的助手山神阿淑爾，因為涅加爾搶走了他心愛的女神。
馬爾杜克和伊西庫爾、阿淑爾合作，讓他倆分別成為哈達(dá)德人和舒尼人的保護(hù)神。阿淑爾向馬爾杜克提出一個主意，放大洪水出來。
馬爾杜克接受了阿淑爾的提議。馬爾杜克、阿淑爾和伊西庫爾分別到北邊、東邊和西邊的天地之山上，放大洪水下來。
洪水來勢兇猛、浩浩蕩蕩，希望河和富饒河兩岸一片澤國，洪水淹沒了埃利都、尼普爾、拉格什、溫馬、烏爾、烏魯克和基什七大城邦，淹沒良田、民居無數(shù)，水中妖魔興風(fēng)作浪。安努被嚇得躲在天空的最高處。恩利爾、伊什塔爾、伊爾卡路拉、涅加爾、伊南娜和烏圖也躲到安努的住所，只有水神恩基還嘗試著控制大洪水，但是失敗了，只好也跟著眾神到安努處避難。
大洪水經(jīng)歷了三年而不退，眾神起初是命令，后來是哀求馬爾杜克把洪水退去。馬爾杜克要眾神尊其為神王，才能將洪水退去。眾神無奈，只好答應(yīng)了馬爾杜克。
馬爾杜克挑選了烏魯克的君王吉爾伽美什和基什的勇士恩奇都協(xié)助退去大洪水。吉爾伽美什和恩奇都成為生死之交，他們也成為蘇默人心目中的大英雄。
后來，恩奇都自恃是退去大洪水的大英雄，說出對兩河星眾神不敬的話，眾神取走了恩奇都的性命。吉爾伽美什悲痛欲絕，他向長壽的烏特納比西丁打聽不死的秘密，烏特納比西丁告訴他在甜海阿普蘇和咸海提阿瑪特的海底之間生長有不死海草。于是吉爾伽美什出海探險，歷經(jīng)艱難險阻，取得不死海草，以救活恩奇都。但是眾神派一只蛇偷吃了不死海草。吉爾伽美什絕望地自殺，自殺前詛咒兩河星眾神。
兩河星接下來的走勢是伊西庫爾保護(hù)的哈達(dá)德人占據(jù)了希望河上游，在河邊修建了扎巴巴城。阿淑爾保護(hù)的舒尼人則占據(jù)了富饒河上游，先后修筑了阿淑爾城和尼尼微城。再后來，哈達(dá)德人和舒尼人向下游擴張，將蘇默人的七大城邦全部吞并。
接著哈達(dá)德人和舒尼人爭霸，舒尼人取得最終勝利，他們在占領(lǐng)的城邦內(nèi)將其他神的塔廟和神廟全部拆毀，修建阿淑爾的神廟。在尼尼微的中央，舒尼人修筑了空中花園。空中花園放在四層平臺之上，由瀝青及磚塊建成，平臺由許多柱子支撐，并且有灌溉系統(tǒng)。園中種植各種花草樹木，遠(yuǎn)看猶如花園懸在半空中，由此得名空中花園。
舒尼人崇尚武力，引起各地被統(tǒng)治人民的不滿。馬爾杜克看準(zhǔn)時機，領(lǐng)導(dǎo)阿摩爾人起義，成功占領(lǐng)原來蘇默人的地區(qū)，在距離原埃利都和烏魯克都不遠(yuǎn)的地方修筑了和平之城。馬爾杜克動員阿摩爾人在和平之城內(nèi)修建通天塔，三年修成。竣工后的通天塔與天同高，真建筑奇跡也。
馬爾杜克登上通天塔頂，他以神王身份命令兩河星眾神向通天塔灌輸神力，馬爾杜克借助眾神能量回到原星球，恢復(fù)為宙斯。