唐僧師徒西天取經(jīng)回到長安，太宗皇帝特設(shè)盛宴慶賀。朝廷殺斬小白龍的姑丈、涇河龍王的龍泉寶劍突然失蹤，唐皇口諭悟空查找，因事涉玉皇大帝，如來勸阻干預，悟空義憤動武，被沒收了金箍棒，悟空執(zhí)意追查到底。
武德星君之子仗勢橫行，遭到小白龍痛打，武德來到西海龍宮興師問罪，小白龍之父敖欽百股屈從，小白龍憤而投奔姑父涇河龍王。武德騙得玉皇大帝旨意，將涇河龍王問斬，其冤魂久久不散，悟空追至冥界，遭到閻羅秦廣王的暗算。
悟空與前來營救的唐僧和八戒、小白龍直奔靈霄殿，當眾揭穿誣陷涇河龍王的詭計，武德星君受到懲罰，涇河龍王沉冤得以昭雪。魔頭無天現(xiàn)身，燃燈佛祖圓寂，一場空前的浩劫降臨三界。
如來召集眾佛，講述無天的來歷。原來當年唐僧師徒取經(jīng)時，無天曾串通佛門敗類，暗中奪取經(jīng)書圖謀不軌，因如來攔截未遂，從此結(jié)怨佛界，伺機而動，妄想取代如來，稱霸三界，適逢古佛圓寂，群魔亂舞。
無天很快占據(jù)佛界圣地靈山，將眾佛與天神統(tǒng)統(tǒng)打入冥界，自稱佛祖，跟著將一個個妖怪克隆成觀音、玉皇等、以假充真，分頭進駐三界。假觀音來到花果山傳達假佛祖無天的旨意，引起悟空的懷疑。
佛祖的轉(zhuǎn)世靈童喬靈兒已經(jīng)投胎降落人間，成為無天的心腹大患，他緊鑼密鼓布陣，千方百計誘騙悟空入套，為他尋找歷代佛祖遺留的十七顆舍利子，追殺轉(zhuǎn)世靈童，為自己永霸三界掃除障礙。
悟空和八戒被騙到靈山，幻化為佛祖的無天命他們?nèi)フ肄D(zhuǎn)世靈童。被打入冥界的唐僧心急如焚，但因失去元神無法行動。轉(zhuǎn)世靈童喬靈兒已經(jīng)長成翩翩少年，廟會上遇見惡少調(diào)戲民女，挺身而出。
靈兒解救的女子原是鳳頭山寨大王白蓮花。事后，蓮花派人請靈兒赴約遭到拒絕，蓮花惱羞成怒，將靈兒押上山寨，斷水斷食，逼他屈服。悟空下凡尋找靈兒，不料遇上流落荒野的閻羅秦廣王。
落難的秦廣王向悟空訴說了三界的巨變，悟空將信將疑。靈兒在鳳頭山寨寧死不屈，含笑死去，蓮花異?；诤蓿瑳Q心改惡從善，主動去縣衙投案自首。悟空與八戒來到雙塔寺前，只見滿目瘡痍，一派蕭索。
悟空與八戒進入雙塔寺，又見遍地死尸，慘不忍睹，原是妖怪曾來此尋找舍利子，為了滅口濫殺無辜，悟空不顧八戒阻攔，決心找到兇手算帳。天庭三太子哪吒逃出冥界，幸會佛祖大弟子阿依那伐。
哪吒逃離阿修羅界，阿依那伐被無天處死。悟空在雙塔寺內(nèi)找到一顆舍利子，不料被巨鷹叨走，二人緊追到鳳頭山頂，發(fā)現(xiàn)死而復活的靈兒。靈兒領(lǐng)悟空和八戒回到家，蓮花卻被推上斷頭臺。
靈兒與眾鄉(xiāng)親在殺場苦苦求情，終于感動神靈，迫使縣衙赦免蓮花，靈兒與蓮花團聚，喜出望外。哪吒被假哪吒追到崖底，不期與古神共工相遇，得其指點幫助，哪吒很快恢復失落的元神。
悟空欲帶靈兒去靈山，蓮花堅決反對，八戒暗中刺殺蓮花未遂，一陣風將靈兒卷走。羈身冥界的唐僧沖出輪回隧道，卻遭無天堵截，唐僧的虔誠奉勸，激發(fā)無天的善念啟動，講出自己的奇特經(jīng)歷。
三萬三千年前，無天身為佛門弟子，奉命赴西牛駕洲傳教，當?shù)仄帕_門大祭司要將他處死，妓女阿羞忍辱救下無天自殺身亡，無天憤而離經(jīng)叛道。悟空和八戒帶著靈兒來到靈山，“佛祖”無天露出真相，不料靈兒也是假的。無天故意放走悟空和八戒，派人暗中緊緊跟蹤。
無天派人殺死靈兒父老，抓走蓮花，巨蝎偽裝成道姑，誣稱悟空殺人，蓮花信以為真，拜其為師。悟空謊稱負傷，帶八戒回到花果山，黑袍帶人跟踵而至，立逼交出靈兒，八戒再三慫恿悟空照辦，露出蓮花圣使的兇相。
唐僧與哪吒來到花果山，向悟空揭露了無天的野心和陰謀，將靈兒護送到東華山，女弟子碧游與靈兒一見鐘情。無天派九頭蟲攻打西海龍宮，龍王敖欽向兒子求救，小白龍對五百年前的往事耿耿于懷，拒不出兵。
碧游對靈兒一往情深，靈兒卻對蓮花念念不忘，二人苦苦相戀不能自拔。八戒和沙僧被九頭蟲關(guān)在黑房難以脫身，前來營救他們的唐僧、悟空和哪吒怎么也找不到。
悟空來到西海龍宮，敖欽正遭圍困，悟空說服小白龍捐棄前嫌，共同對敵。小白龍欣然答應(yīng)，并和悟空偽裝打入九頭蟲兵營，以高超的武藝和一番高談闊論令九頭蟲折服，將水兵交由他倆訓練。
悟空設(shè)計救出被關(guān)押的八戒和沙僧，并合謀取得九頭蟲的信任，乘機將其打死。除掉水妖，海域平定，小白龍與父親重歸于好。靈兒辭別碧游流落人間，悟空與八戒四處尋找。
靈兒在陳家莊遇到魔女五真，被她帶回強行求歡，靈兒拒不答應(yīng)被打入牛棚。悟空與八戒在路邊偶然發(fā)現(xiàn)一個洞穴，冒險深入到底，竟意外地找到一顆舍利子。
魔女五真死死纏住靈兒不放，其父也是地獄惡鬼，晝伏夜出，專事殘害年輕女子。蓮花與碧游在尋找靈兒的途中相遇，二人商定分頭捉鬼，不料碧游被偽裝成少年的惡鬼騙走。
五真脅迫靈兒成婚，蓮花與碧游闖入洞房，與靈兒重逢。碧游主張靈兒返回東華山，蓮花制止無效，即向師父報信求援。巨蝎率眾妖將靈兒劫往靈山，蓮花恍然大悟，與悟空等一行同往東華山。
唐僧師徒在東華山?jīng)Q定分頭行動，悟空等來到五莊觀，拜訪舍利子的知情人鎮(zhèn)元大仙。不料鎮(zhèn)元子卻被如來提前請去南海議事，悟空預感大事不妙，與八戒、哪吒一道直奔南海。
如來追問舍利子下落，鎮(zhèn)元子婉言拒答，如來現(xiàn)出原形，乃無天弟子白象大王。白象旋又變做悟空，終獲十六顆舍利子下落。黑袍與白象在蒙界果然找到三顆舍利子，不料白象卻是悟空所變。唐僧率眾通過輪回隧道時，碧游不幸殞命。