江西、湖南、廣東、廣西都算是好解決的，闖軍最大的難題出在四川，這里有一位老朋友在等著他們。
張獻忠，明末農(nóng)民軍中公認的二號人物，他和李自成是十幾年的交情了。李自成的闖營和張獻忠的西營多次并肩作戰(zhàn)，雙方將士的感情很深，每當其中一人吃敗仗，總是會尋求另一人的幫助。但是隨著李自成和張獻忠的勢力越來越大，兩人之間漸漸產(chǎn)生了裂痕。崇禎十五年，張獻忠為左良玉所敗，一度在名義上尊奉李自成為盟主?？傻搅顺绲澥辏钭猿晒タ讼尻?，張獻忠攻克武昌，李自成自稱奉天倡義大元帥，張獻忠自稱西王，雙方便產(chǎn)生了矛盾。李自成派人責問張獻忠，張獻忠也自知實力不足以和李自成沖突，便放棄武昌，南下湖南。張獻忠本來有在湖南建立根據(jù)地的打算，已經(jīng)開始推行三年免征，把沒收的豪紳、藩王土地分給窮民，建立縣級政權，可不知道為什么，他卻突然放棄了湖南，選擇轉進四川。
雖然雙方生了嫌隙，但并未發(fā)生沖突，李自成還是試圖拉攏張獻忠，他在西安建國稱帝之后，冊封張獻忠為秦王。當時李自成剛剛打敗孫傳庭，席卷陜西，收降全部秦軍，張獻忠的實力明顯不及李自成，便接受了李自成的冊封，在四川使用大順的永昌年號。但是隨著山海關之戰(zhàn)的消息傳到四川，張獻忠又攻下了成都，實力大增，于是他撇開了大順的旗號，自稱大西皇帝。李自成原本派馬科去接收川北州縣，但是得知張獻忠自立的消息之后，緊急下令讓馬科撤回。大順軍的正面面對著清軍的威脅，實在不能在背后再多豎敵了。
之前李過、高一功等率領西路大順軍從四川經(jīng)過，張獻忠的義子張定國放他們通行，在這期間他們了解到了一些情況。張獻忠現(xiàn)在的處境很不好，他剛到四川的時候，李自成正橫掃北方，眼看大明的統(tǒng)治就要土崩瓦解，因此四川的明朝官員紛紛改換門庭，改投張獻忠門下。但是南京的弘光朝廷建立之后，派了川陜總督樊一蘅、川楚總督王應熊兩人來給張獻忠搗亂（這倆人的官職合起來看的話十分奇葩，這也是明末的諸多亂象之一：一個地方歸好幾個督撫管轄）。李過等人通過四川之后不久，明軍曾英部攻下了重慶，張獻忠派他的義子張文秀去反攻重慶，結果遭遇了失敗。各地士紳叛亂不絕，張獻忠四處派兵鎮(zhèn)壓，脾氣也變得越來越喜怒無常，殺戮越來越多，甚至有一些部下的將領也因為一些不大的事情被罷黜甚至處死。張文秀因為重慶之戰(zhàn)的失敗，被降成了游擊，張定國勸說張獻忠不要殺戮太濫，鎮(zhèn)壓叛亂時誅殺首惡即可，不要禍及被脅從的無辜百姓，不料張獻忠大怒，把他降職成了千總。
張獻忠原本有三位軍師——徐以顯、潘獨鰲、汪兆齡，后來潘獨鰲在和黃得功部的戰(zhàn)斗中戰(zhàn)死，徐以顯在張獻忠攻占岳州時不明不白地溺水而死，汪兆齡便一家獨大了。汪兆齡和宋獻策一樣，精通讖緯之學，因此得到了張獻忠的寵信，但是他的人品和宋獻策相比可差得太遠了。汪兆齡為了實現(xiàn)自己一人之下萬人之上的地位，極力挑撥張獻忠和他的四個義子張可望、張定國、張文秀、張能奇的關系，由于張獻忠到了四川之后接納了大批四川士人加入政權，汪兆齡生怕他們威脅自己的地位，極力鼓勸張獻忠多殺川人，西軍眾將與四川士紳百姓均深恨汪兆齡，但是因他得張獻忠寵信，都敢怒不敢言。
此次袁宗第統(tǒng)兵入川，劉宗敏事先叮囑他，先不要和張獻忠起沖突，把主要精力放在收編四川的明軍上。首先就是重慶的曾英部。曾英是福建莆田人，與黃斌卿同鄉(xiāng)，張獻忠入川時，曾英的部隊被擊潰，負傷藏匿民間，卻不意遇到了一位奇女子董瓊英。董瓊英是本地富戶之女，率領族人結寨自保，抵御盜匪，手下有苗人、土人女子數(shù)百人，武藝精熟。在董瓊英的幫助下，曾英重新聚集部隊，攻克重慶。楊嗣昌的舊部朱化龍占據(jù)茂州，秦軍出身的趙榮貴占據(jù)龍安，敘州有樊一蘅、甘良臣、馬應試、侯天錫等部活動，楊展占據(jù)嘉定，曹勛占據(jù)黎州、雅州，巴東有譚文、譚詣、譚弘三兄弟，是方國安的舊部。這些明軍中有很多都十分兇殘，甘良臣、趙榮貴、馬應試等大肆殺掠百姓，三譚也以殘暴無紀著稱，百姓歌曰：“武臣怕死又愛錢，不愿遇兵愿遇賊?！钡膊⒉皇撬械拿鬈姸既绱耍味ǖ臈钫咕鸵詯勖袢缱又Q，四處購買糧食，組織百姓屯田，活川民無數(shù)。
四川也有很多農(nóng)民軍在活動，源自當年曾與張獻忠聯(lián)合作戰(zhàn)的陜西農(nóng)民軍搖天動、黃龍所部，如今以爭天王袁韜為首，還有整齊王張顯、副反王劉惟明、黑虎混天星王高、奪天王王友進、爭食王靳可擎、行十萬扈九思、震天王白蛟龍、二哨楊秉胤、托天王馬朝興、九條龍梁時正、闖食王、順虎過天星等人，合稱為“搖黃十三家”。在所有農(nóng)民軍中，搖黃十三家的軍紀是最差的，在達州、巴州一帶殺戮劫掠，李自成和張獻忠都曾經(jīng)招降過他們，可他們一直沒有應召，只想當土皇帝。
最后，還有王應熊駐扎在遵義，他手下最主要的將領是王祥，過去曾經(jīng)是他家的仆人。王祥是個比較有能力的將領，組織難民開墾土地，不過對治下百姓的壓榨也很厲害。他的夫人熊氏是一位女中豪杰，手下有一隊女兵，盡著男裝，十分勇健。不過王祥為人傲慢，尤其鄙視文官，因此人緣極差。再往南是占據(jù)貴陽的總兵皮熊，皮熊是一員老將，出身于商人家庭，以疆場廝殺得居高官，曾經(jīng)參與平定奢安之亂。為人很有骨氣，在自私自利方面也很突出。不過這些人已經(jīng)在貴州的范圍內(nèi)，由劉體純負責，袁宗第就不去管了。
自然災害和各方勢力的混戰(zhàn)令四川蒙受了深重的災難，很多地方十室九空。日后成為保護動物的華南虎，如今卻是在四川泛濫成災的恐怖存在，甚至發(fā)生過知縣在城中被老虎叼走的事情。袁宗第的任務十分艱巨，要把這么多的軍閥勢力全部統(tǒng)合起來，變成可以抗清的力量，要恢復四川的社會秩序，組織生產(chǎn)，還要處理好和張獻忠的關系，這些事情沒有一件簡單。果不其然，剛一入川，川中軍閥們就給袁宗第來了個下馬威。