管理委員會（Management Committee）
擁有基金會所有重大事項的決策權，由5位董事和其余9個部門的部門領導組成。決策時，每位董事?lián)碛?張選票，每位部門領導擁有1張選票，共計19票。提議獲得超過50%的選票，則自動通過；否則，將進入提議庫等待再一次提交。
外交部（Department of External Affairs）
負責抹除基金會在正常社會的一切消息，與各大勢力進行溝通，協(xié)力進行一些在人口密集地區(qū)或者依靠基金會自身實力無法達成的項目。
人力資源部（Department of Human Resource）
負責篩選潛在雇員并招聘，同時負責每位雇員的理性值判斷和忠誠檢查。
技術服務部（Department of Technical Service）
負責基金會日常設備以及設施的維護和運轉(zhuǎn)，同時負責設計和建造已納入基金會列表的裝備。技術服務部擁有諸多項目組，包括基建組、電能動力組、磁力組、管理組等。
情報部（Department of Intelligence）
負責搜索、追蹤項目目標并收集敵對組織的情報。
紀律部（Department of Discipline）
負責基金會運作安全的秘密部門，擁有調(diào)查基金會所有人員的職權。通常，紀律部門的雇員擁有完全的理性值和忠誠檢查記錄，并且需求在基金會中工作超過5年，同時保留其原有職位。
醫(yī)療部（Medical Department）
負責維持雇員的健康。除去物理損傷治療外，同時可以對模因污染導致的理性值降低進行治療。
科學部（Scientific Department）
負責研究所有的異常項目，研發(fā)反制措施、醫(yī)療產(chǎn)品以及可以用于正常社會的途徑，最終交于技術服務部生產(chǎn)。
安保部（Department of Security）
負責為基金會的設施和項目提供保護。安保部雇員會通過應對管理失效、侵入、破壞、大型災害等其他緊急情況的訓練。
特遣部（Department of Task Force）
負責基金會項目的執(zhí)行，由大量特殊領域?qū)＜医M成。目前已知擁有超過40個小隊，平均每個小隊擁有20名雇員。
財政部（Department of Finance）
負責基金會內(nèi)部資金的運轉(zhuǎn)與融資。
投資部（Department of Investment）
負責增大基金會資金的收益，以彌補其他部門的虧損。