第二次沖擊過后，這個國家就一直都是夏日炎炎，不再有其他的四季更換了，冬月耕造看著遠方的海面。
用眼角的余光，看著自己曾經(jīng)的學(xué)生，現(xiàn)在碇源堂的妻子，啶唯在哪里逗弄著年幼的碇真嗣，那是她和碇源堂的孩子。
冬月耕造想要勸說，讓啶唯不必親自冒這個危險，去擔(dān)任初號機啟動試驗的試驗者，但啶唯的語氣很堅決，冬月耕造明白，一旦她下定了決心，就不會再更改了。
正如當(dāng)初她選擇了碇源堂一樣，從來都不會更改自己的決定，只會用行動去改變那一切。
初號機的啟動試驗當(dāng)天，冬月耕造沒想到的是，她居然連自己的孩子都帶來了。
“想要讓真嗣看見人類光明的未來……”這是她給出的理由，冬月耕造沒法去拒絕她，因為事到如今，他能心平氣和的站在這里，和碇源堂一起看著這一切的開始，啶唯占了一部分的原因。
后來，啶唯消失了，消失在了初號機之中，赤木直子所組織的打撈計劃也以失敗而告終了。
冬月耕造不知道碇源堂是什么心情，也許會很悲傷吧，但現(xiàn)在并不是沉溺于悲傷的時候，計劃才剛剛開始。
之后再見到碇源堂是一個星期之后了，他重新回來了，并且?guī)砹诵碌挠媱?，那個計劃就是人類補完計劃，因為這個計劃，碇源堂得到了SEELE的全體支持，冬月耕造能清晰的感受到，啶唯消失后，碇源堂身上的那種令人作嘔的氣息又回來了，并且比以往隱藏得更深。
因為人類補完計劃提出的原因，原本是來監(jiān)視碇源堂的克倫茨被調(diào)走去了D國，在哪里克倫茨成立了人工進化研究所的分所。
而赤木律子在畢業(yè)后，也是第一時間被克倫茨邀請了過去，而赤木律子的工作就是主持開發(fā)EVA龍劍號。
赤木律子沒想到自己一來就要擔(dān)起這樣的重任，不過對于克倫茨的充分信任還是很開心的。
兩人都是屬于行動派，龍劍號的研究與開發(fā)，即便有著母親給的經(jīng)驗與資料支持，也是花了整整五年的時間才徹底完成。
不過這五年的時間過得并不無趣，克倫茨總是能在她內(nèi)心疲憊的時候，給予一些小驚喜。
例如她身邊的那兩只大貓咪，就是克倫茨送給她的生日禮物，一只黑色的一只是白色的。
原本送過來的時候，還是小小的兩個，但在喂養(yǎng)了這么多年后，也算是兩大只了吧。
黑色那只很黏人，但不會打擾到自己的工作，白色的雖然很高冷，但卻能在自己不開心的時候，對自己表現(xiàn)親昵的一面。
養(yǎng)著這兩只貓咪，赤木律子總有一種是在養(yǎng)著他們二人孩子的感覺，不過克倫茨是分所的所長。
要忙的事情有很多，雖然他總能擠出時間來陪自己，但兩人也沒想過要一個真正屬于他們的孩子。
后來龍劍號的啟動實驗開始了，這次的實驗是由赤木律子所主持的，參與實驗的實驗者赤木律子并不認識，只知道他的名字叫做羽。
當(dāng)時的D國人工進化分所，對于年僅二十出頭的赤木律子能否主持這次實驗是有極大懷疑的。
但克倫茨力排眾議，認為赤木律子的才能，足以應(yīng)付這次的啟動實驗了，得到了克倫茨支持的赤木律子成功主持了龍劍號的啟動實驗。
但悲劇也就由此發(fā)生了，龍劍號啟動實驗出現(xiàn)了問題，EVA直接暴走，五分鐘內(nèi)直接把大半個D國分所給摧毀了，駕駛員也生死不知。
而赤木律子在和克倫茨撤離分所的時候，后方出現(xiàn)了大范圍的坍塌，克倫茨在刷開了大門后，卻沒有第一時間出去，而是先送了赤木律子以及一些工作人員出去。
而他自己本人則是被那些坍塌的建筑物給淹沒了，克倫茨生死未知，本來因為這次事故，足以被判處終生監(jiān)禁的赤木律子被碇源堂給保釋了下來。
再之后，赤木律子將自己的那與母親一樣的發(fā)色染為了黃色，而自己與克倫茨一起喂養(yǎng)的兩只大貓赤木律子也送去了外婆哪里，想要與過去徹底割裂開。
然后赤木律子就來到了人工進化研究所的總部，協(xié)助自己的母親完成MAGI系統(tǒng)。
后來赤木律子也得到了那個消息，在那一晚的見面后，她的母親就自殺了，老實說，對于這個消息，赤木律子沒有覺得有多悲傷，也許是兩人的交流大部分都停留在表面的緣故吧。
之后赤木律子就接手了自己母親以前的工作，也得知了自己的母親與碇源堂的一些不好的傳聞，不過她并不在意。
時間回到了2015年，加持良治在解決掉周圍的守衛(wèi)后，就擅自釋放了冬月耕造，雖然他也明白，這樣會給自己帶來什么樣的結(jié)果，但那已經(jīng)無所謂了。
葛城美里在得知問題已經(jīng)解決了的時候，心情十分沉重，因為這次事件的主謀是加持良治，問題解決肯定不是冬月耕造回來了那么簡單，說不一定加持良治已經(jīng)……
葛城美里不敢再想下去，回到了公寓，滿臉疲憊之色的葛城美里看見了座機電話的留言。
懷著忐忑不安的心情，葛城美里按下了播放，加持良治的聲音傳了出來，比以往的輕浮不同，這次加持良治的聲音顯得平靜又嚴肅：“葛城，是我。”
“當(dāng)你聽到這段聲音的時候，我大概率已經(jīng)給你帶來了很大的麻煩，抱歉！”
“小律哪里也麻煩你幫我道歉了，同時，我還養(yǎng)了一些西瓜，如果你肯代我澆下水的話，我會很高興的，真嗣知道地點?！?p> “葛城，真相與你同在，不要困擾，勇敢向前！”聽到這里，葛城美里的眼中已經(jīng)蓄滿了淚水，因為她明白，很有可能，加持良治已經(jīng)不在了。
接著，加持良治有些猶豫的聲音繼續(xù)傳了出來：“葛城，如果……如果還能再相見的話，我會對你說出八年前沒有說出口的那句話，再見?！?p> 話音落下，點點淚滴已經(jīng)滴落在桌面上，葛城美里輕輕捂住嘴，不想讓自己哭出來，但臉上早已經(jīng)淚流滿面。