事實上，《天元突破》這部動畫確實是第十六話才開始走上封神之路的。
這一話的前半段，主要還只是介紹一下打敗螺旋王七年之后，大紅蓮團眾人各自的變化，到了后半段，新的敵人出現(xiàn)——反螺旋族。
可氏三姐妹中的大姐可優(yōu)在醫(yī)院生下一個孩子，名叫安妮，在現(xiàn)場的尼婭，第一時間給男主西蒙打了電話，說這件事情。
兩人正聊著天，結(jié)果因為地表上的人口數(shù)剛好達到100萬，敵人入侵。
男主掛斷電話，準(zhǔn)備應(yīng)敵，另一邊，女主尼婭手上浮現(xiàn)神秘紋路，很快便消失不見。
路修派出奇米和妲莉兩人所在的GuRa-Pearl小隊，跟入侵的敵人作戰(zhàn)，然而完全不是對手。
原大紅蓮團的兩名成員很是不甘心地說：“要是我們有顏面在的話，那種家伙根本就是小菜一碟。”
結(jié)果路修手底下的人馬上反駁，說顏面是螺旋王的遺物，因為與新時代不相稱所以被全面銷毀，GuRa-Pearl則是對紅蓮螺巖進行研究后，改良成更適合戰(zhàn)斗的量產(chǎn)機，如果連這個都不是對手，老式顏面更加不可能會是對手。
戰(zhàn)場上，妲莉遇到危險，千鈞一發(fā)之際，是男主駕駛紅蓮螺巖出手，救了妲莉。
指揮部，路修通過大顯示屏看到這一幕，沒有叫好，反而說親自上前線不是男主的工作。
男主這一回再也沒忍住：“傻瓜！保護市民的生命和城市，那不才是我們最重要的工作嗎？太平日子過傻了嗎？”
路修有點生氣，但也只能讓人配合。
男主駕駛機甲，大戰(zhàn)敵人的機體，好不容易將敵人的機體摧毀，王都也因為敵人的機體解體之后產(chǎn)生的爆炸遭到破壞。
然后，路修總算有了抱怨的理由：“明明連敵人真正的身份都還不知道，胡亂反擊一氣，把什么都毀了，行動太輕率了?！?p> 緊接著，天上，巨大的月亮底下又出現(xiàn)尼婭的身影，向地球人發(fā)出宣告：“我們反螺旋族Anti -spiller，判斷地球人類達到螺旋力危險等級第二階段，現(xiàn)在起將發(fā)動人類殲滅系統(tǒng)?！?p> 第十七話，宣告完畢，尼婭便消失不見。
路修為了解開謎題，將不知道從哪里弄來的螺旋王的腦袋喚醒。
另一邊，男主苦找尼婭無果，正在河岸邊失落著的時候，尼婭出現(xiàn)。
不過，此刻的尼婭已經(jīng)不再是之前的那個尼婭，人格消失，成為反螺旋族的信使，她告訴男主：“螺旋族會給這個宇宙帶來滅亡，為了阻止這種事發(fā)生，就有了我們反螺旋族?！?p> 與此同時，螺旋王也在向路修解釋：那些顏面本就是用來對抗反螺旋族的東西，將人類封印在地底下則是因為螺旋族在與反螺旋族的戰(zhàn)爭中失敗了，只能逃回各自的母星。
“鎮(zhèn)壓了這個銀河的反螺旋族，對有螺旋生命反應(yīng)的行星設(shè)置了螺旋生命體殲滅系統(tǒng)，地面上的螺旋生命體超過一定數(shù)值后，會自動感應(yīng)并啟動系統(tǒng)?！甭菪跏沁@么說的。
他特意將所有的人類封印在地底下，也是這個原因。
至于為什么之前沒把這個原因說清楚，則是因為：“被螺旋本能驅(qū)使的愚蠢生命，會一味地向天前進，靠語言和理性無法抑制這種沖動，能夠做到這一點的，只有恐怖?！?p> 人類來到地表之后，科技爆炸，進步飛速，也是因為螺旋生命的潛力。
根據(jù)螺旋王和尼婭共同的說法，3周后，月球?qū)⒚撾x軌道，撞向地球，這就是所謂的螺旋生命體殲滅系統(tǒng)。
得知情報之后，路修十分驚訝，十分動搖，很快便意識到問題的嚴(yán)重性，讓螺旋王絕對不要泄露出去，以免引起市民的恐慌，然而已經(jīng)晚了。
另一邊的尼婭跟男主西蒙之間的對話是在電視上直播的，所有人都知道了。
“遺傳基因中隱藏有反螺旋分子的人類，居然會作為羅杰姆的女兒出生，實在是造化弄人，但一旦成為啟動了的反螺旋族，我就無法再變回人類了，”
尼婭最后說了一句，退回到反螺旋族的機體之中，消失不見，反螺旋族的機體也對王都發(fā)動瘋狂攻擊。
男主親自出手，大戰(zhàn)反螺旋族的機體，保護了人類。
然而，王都內(nèi)的人們非但不領(lǐng)情，反而群情激昂，怪他將反螺旋族引來。
“這就是我，一路戰(zhàn)斗至今的結(jié)果嗎？”男主十分動搖。
路修本想解釋的，但解釋無果，還被人扔了石頭，然后他當(dāng)著自己下屬的面說：“必須有人站出來劃清界限，這就是政治?！?p> 于是，男主就被逮捕了，大哥卡米納的雕像被憤怒的人民推翻。
螺巖號的核心鉆頭被路修收走，然后，就在許多人幫路修洗地，以為路修這么做是為了保護男主的時候，法庭上，路修直接判處男主死刑，而且律師和檢察官都是路修的部下，根本不存在公正一說。
剛剛做出判決，尼婭出現(xiàn)，跟男主說了兩句話，然后，敵人的機體“無顏”出現(xiàn)，對地面發(fā)動攻擊。
男主借此向路修提出要求，讓他駕駛紅蓮螺巖與那些無顏對抗。
這話說出來，路修還擔(dān)心男主會逃跑，最后是因為給紅蓮號設(shè)置炸彈，以此作為條件，才同意讓男主出戰(zhàn)。
炸彈還是設(shè)置在喜歡著路修的可氏三姐妹中的二妹可儂的腰帶上的，也是可儂負(fù)責(zé)駕駛紅蓮號，隨男主出擊。
好在，男主并沒有逃跑的打算。
這一戰(zhàn)獲勝之后，男主被關(guān)押進監(jiān)獄里面。
路修則向民眾宣告了超弩級戰(zhàn)艦的存在，表示大家可以乘上戰(zhàn)艦，一起逃離地球，這個消息也讓民眾十分亢奮，路修的民心和人氣瞬間達到頂點。
當(dāng)天，無顏再次對地面發(fā)動大規(guī)模攻擊，路修只能規(guī)定一個時間，盡可能多地讓戰(zhàn)艦收容民眾，大部分人都要被拋下。
不過，曾經(jīng)的大紅蓮團中的許多成員都選擇主動留下來，可唐還在戰(zhàn)艦離開之前找到路修，將男主的核心鉆頭要過來。
規(guī)定的時間一到，戰(zhàn)艦便毫不留情地起飛，離開地球，然而這根本就是個陷阱，等著他們的只會是更強大的攻擊，只會是絕望。
與此同時，曾經(jīng)離開了王都的優(yōu)子回歸，將被關(guān)押在監(jiān)獄里面的男主救出來。
大紅蓮團重組，熱血重燃，加上之前被抓捕，同樣被關(guān)在監(jiān)獄里面的比拉魯，一行人沖到天上，進入太空。
就在路修等人乘坐的戰(zhàn)艦遭到瘋狂攻擊，即將支撐不住的時候，男主等人出手，一場無比精彩的戰(zhàn)斗，助戰(zhàn)艦脫離危險，還成功控制住月亮，讓月亮能夠回到原先的軌道上。
獲勝之后，在太空艙中，男主見到尼婭，同時展開兩人之間的一段對話：
“命運是不會改變的?！?p> “什么？”
“由于地球人類殲滅系統(tǒng)失效，反螺旋族將進入全面戰(zhàn)爭狀態(tài)，他們拿出全力的話，就算是你也贏不了的，反螺旋族的本隊很快就會為了消滅覺醒的螺旋族，來到這個銀河吧?！?p> 這是可以預(yù)計的事情。
不過，男主更關(guān)心的是另一件事情：“如果我們贏了的話，你能恢復(fù)原狀嗎？”
“為了分析你們的資料，我將被召回反螺旋族本星，你說的可能性無限接近于零?！蹦釈I一臉冷漠地回答。
男主卻沒放棄，反而樂觀地說道：“但并不是零吧？那對我來說就和100%一樣。”
聞言，曾經(jīng)的尼婭的人格突然恢復(fù)，滿臉期待地問道：“你會來接我嗎？”
“當(dāng)然了，你以為我是誰？”男主很是肯定地回答道。
尼婭感動著，臉紅了一下，很快就在男主面前消失不見。
第二十一話的最后，男主一行人平安返回地球。
“等著我，尼婭?！蹦兄鬟b望天空，說了一句。
顯然，接下來的主線劇情就是去接尼婭，順便打真正的最終大boss反螺旋族。
跟前十五話的內(nèi)容不一樣，第十六話到第二十一話，劇情密度簡直可以用“爆炸”來形容，而且一點都不套路，非常精彩。
原本說這部動畫無聊以及懷疑打完螺旋王之后劇情會變得套路起來的聲音都消失了，這部動畫的人氣也開始一步步走高，從一開始的人氣動畫變成超人氣動畫，加上這部動畫的風(fēng)格跟《死亡筆記》和《魯路修》幾乎完全不一樣，讓林智彥收獲了大批新的粉絲。