此時(shí)的長安可以說是極度混亂，赤眉軍擁立的傀儡小皇帝劉盆子建立的建世政權(quán)，擁兵三十萬眾，進(jìn)逼關(guān)中，更始爺劉玄派遣諸將與赤眉大軍交戰(zhàn)，不過均大敗而歸，死傷甚重，三輔再一次震動(dòng)。不久，更始帝劉玄向赤眉請(qǐng)降，獲封為長沙王，后為赤眉縊殺。(劉玄他不敢向劉秀請(qǐng)降，害怕他記仇，只能被迫向向赤眉請(qǐng)降，但結(jié)局還是死了。)
劉秀聽聞綠林、赤眉兩大起義軍發(fā)生了火并，心中竊喜，趕緊派鄧禹西入關(guān)中，以觀時(shí)變。此間，三輔大饑，人相食，城郭皆空，白骨蔽野，赤眉數(shù)十萬大軍擁在長安，不日糧草即告匱乏，只得撤出長安西走隴右以補(bǔ)充糧草，結(jié)果為割據(jù)隴右的隗囂所敗，恰是嚴(yán)冬，“逢大雪，坑谷皆滿，士多凍死”，赤眉數(shù)十萬大軍只得再一次東歸折返長安，并擊敗了進(jìn)駐那里的鄧禹軍，迫使其逼退出長安范圍之內(nèi)，但此時(shí)的赤眉軍也遭受了極大的消耗。
劉秀見鄧禹的西征軍出事不利，劉秀便又遣馮異前往關(guān)中，代替鄧禹指揮西征大軍。馮異到后，鄧禹聯(lián)合馮異部與赤眉再戰(zhàn)，結(jié)果再次大敗，馮異只率少數(shù)人棄馬步行才得以脫身歸營，而鄧禹則敗走宜陽。馮異只能收攏歸散的部下，堅(jiān)壁清野，待機(jī)再戰(zhàn)。
不久，馮異軍與赤眉再次大戰(zhàn)于崤底（今澠池西南），雙方均傾眾而出，一直大戰(zhàn)到太陽偏西。在此之前，馮異提前選精壯之士化妝成赤眉軍，伏于道路兩側(cè)，此時(shí)見雙方皆已力衰，作為伏兵殺出，赤眉軍驚潰大敗，被馮異迫降者八萬余人。崤底之戰(zhàn)也使赤眉軍再遭重創(chuàng)，加之糧草已經(jīng)耗盡，不得已再次轉(zhuǎn)向東南方，力圖補(bǔ)充糧草和人馬，擺脫困境。
早在崤底之戰(zhàn)前，劉秀鑒于關(guān)中大饑，人相食而隗囂的重兵又陳于西方的局面，料赤眉必向東或南方向運(yùn)動(dòng)，遂遣破奸將軍侯進(jìn)等屯新安（今澠池東），建威大將軍耿弇屯宜陽（今宜陽西），在東、南兩個(gè)方向堵截赤眉東歸或南下的去路，并打一個(gè)伏擊戰(zhàn)。
不久，劉秀得知馮異在崤底大破赤眉，而赤眉軍主力十多萬眾南下走宜陽，劉秀于是親自引大軍馳援宜陽一線，與耿弇等人會(huì)合，共同南下去阻擊赤眉南下。
劉秀親率六軍，于宜陽前線將大軍擺開陣勢，大司馬吳漢精兵于最前，中軍在其后，驍騎兵和帶甲武士分陳于左右兩側(cè)。
而此時(shí)赤眉軍兵士疲敝，糧草缺乏，士氣低落到了極點(diǎn)，自崤底失敗后一路從關(guān)中折向南，至宜陽，正迎面撞上劉秀布下的重兵，兵困糧乏的赤眉軍根本無力再戰(zhàn)，而后面又有可能還有馮異的大軍，再回關(guān)中已無可能。
在已陷入絕境的情況下，尚有十幾萬兵馬的赤眉軍被迫在宜陽請(qǐng)降，并向劉秀呈上了得自更始帝之處傳國玉璽和更始帝的七尺寶劍。赤眉降后，上繳的兵器和甲胄堆放在宜陽的城西，與旁邊的熊耳山（山名，因似熊耳而得名，在宜陽以東）一樣高。
至此，起自新莽天鳳五年，縱橫山東十余年的赤眉軍也被劉秀扼殺在了血泊之中。