慶余年的不為人知的秘密是關(guān)于太平別院湖底和池塘里的禁忌之門。根據(jù)葉輕眉給范閑的信和其他相關(guān)信息,這些地方隱藏著禁忌之門,可能涉及到人類滅亡的秘密和葉輕眉的起源。禁忌之門可能是葉輕眉的實驗室,里面可能有現(xiàn)代化的高科技設(shè)備。此外,慶帝費盡心機設(shè)下的陷阱,讓肖恩以為范閑是自己的孫子,以獲取神廟和葉輕眉的秘密。神廟是一個重要的秘密之地,控制著地球新人類的進化、社會的發(fā)展和技術(shù)的進步。然而,具體的秘密細節(jié)并未在提供的信息中提及。